Эти закладки хранятся в директории настроек Amaya bookmarks.rdf. Если Вы редактируете этот файл и вводите новые свойства, они будут сохранены. Это происходит из-за того, что мы используем Redland для запроса и разбора RDF-модели. Дополнительно см. домашнюю страницу проекта Annotea.